近日,中国科学院上海巴斯德研究所王颂基教授团队利用达普生物数字PCR系统在Sensors and Actuators: B. Chemical发表了一篇名为 Development and characterization of a digital CRISPR/Cas13a based assay for rapid and sensitive diagnosis of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus 的文章。
血小板减少综合征(SFTS),是我国于 2009 年首次报告的一种新布尼亚病毒(SFTSV)引起的传染性疾病,多篇报道显示 SFTS 是一种新发的人兽共患病,部分病例报告 8 天内进展为多器官衰竭,致死率为 6% ~ 30%。目前在中国、日本、韩国零星散发,仍无上市的针对性的特效药物或疫苗。因此,针对 SFTSV 病毒感染病例的早期诊断对疾病的控制与预防至关重要。
液滴数字 PCR 是一种基于液滴微流控的核酸检测手段,由于其高灵敏度的优势,在病毒的早期诊断、病程监控、药物疗效、出院复核等领域均已发挥极其重要的作用。
达普生物作为微流控技术的领航者,继与香港科技大学姚舒怀教授团队合作发表 CRISPR 技术合作文章后,现于 digtial CRISPR-Cas13a 领域又添新的篇章!达普生物联合中国科学院上海巴斯德研究所王颂基教授团队,开发了一套基于 digtial CRISPR-Cas13a 方法定量检测 SFTSV 病毒的流程。该流程不仅展现出优于传统检测方法 40 倍的灵敏度,并且可以提供定量检测的结果,为诊断 SFTS 的未来发展提供更可靠的结果,同时可满足即时检测的要求。
中国科学院上海巴斯德研究所王颂基教授团队发现,目前针对 SFTSV 病毒的检测方法主要是基于血清学的 ELISA 测得 anti-SFTSV 的总抗体水平,或基于 RT-PCR 测得序列的定性分析。但早期病例的病毒载量达不到上述检测方法学的检测限,造成约 30% 的疑似病例无法确诊,且大部分的病例报告源于乡村地区,医疗条件有限,所以迫切需要开发一种高灵敏、快速、简便的检测方法。
CRISPR-Cas13a 系统由于其不需要复杂的检测设备,只需要识别特定的目标 RNA 或 DNA 序列,即可完成水解探针并产生可检测的荧光信号,已经被用于多类病毒检测领域。管式的 CRISPR-Cas13a 系统,由于反应在恒温即可进行,当检测试剂与模板混合后,模板已经开始扩增。这会对于后续仪器检测样本起始模板含量产生较大的误差。
研究团队依托达普生物数字 PCR 产品,使用液滴生成仪,将激活反应的 MgOAc 作为单独水相 1,将检测试剂作为水相 2,进行液滴生成。体系在液滴形成阶段才进行混合,使得模板在进入液滴前保持一个稳定的状态,保证了初始模板拷贝数的准确性。
基于液滴式的 digtial CRISPR-Cas13a 方法,不仅可以作为反应的“开关”,而且由于体积缩小到纳升级别,在极短时间内即可产生满足检测条件的探针信号,从而提高检测的灵敏度及重复性。
通过优化试验确定了试验的参数后,王颂基教授团队随即验证了试剂的性能。
digtial CRISPR-Cas13a 系统均表现出较好的性能,线性区检测间位于 100 cp/μL ~ 104 cp/μL,临床方法学对比一致性达到 100%。另外该方法检测速度同样优异,可在 10 min 内得到定性结果,30 min 内得到定量结果。定性速度明显优于管式 CRISPR-Cas13a 系统。
因此,digtial CRISPR-Cas13a 系统可以提供快速、准确、灵敏的新型病毒定量方法。
文章路径:
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S092540052300504X
达普生物秉承为广大科研及临床工作者和企业客户提供世界领先技术平台的理念,聚团队研发力量结晶开发了基于微流控技术的全流程解决方案。
参考文献:
1. Lulu Zuo,Jing Miao et al.Development and characterization of a digital CRISPR/Cas13a based assay for rapid and sensitive diagnosis of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus,Sensors & Actuators: B. Chemical 388 (2023) 133789
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